Από τον Σεπτέμβιο 2015 λειτουργεί στο Πανεπιστήμιο Μακεδονίας το Κέντρο Αριστείας Jean Monnet “Research on Crucial Issues of European Integration” το οποίο φιλοξενείται στο Εργαστήριο Διεθνών Σχέσεων και Ευρωπαϊκής Ολοκλήρωσης του Τμήματος Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών. Η δράση της ΕΕ «Κέντρο Αριστείας Jean Monnet» επιχορηγείται από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, και ειδικότερα από το πρόγραμμα Erasmus+, μετά από προκήρυξη διαγωνισμού, υποβολή προτάσεων και αυστηρή αξιολόγηση από ανεξάρτητους εμπειρογνώμονες. Στην Ελλάδα το 2016 λειτουργούν πλέον δύο Κέντρα Αριστείας, ενώ τέτοια κέντρα υπάρχουν σε όλη την Ευρώπη, την Αμερική και σε άλλες χώρες. Η βασική αποστολή του Κέντρου είναι η προώθηση του διαλόγου, η συμβολή στην αναβίωση της «ευρωπαϊκής ιδέας» μεταξύ των ευρωπαίων πολιτών, η αύξηση του ενδιαφέροντος για τις σπουδές ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης και, τέλος, η εδραίωση της ευρωπαϊκής αρχής της αλληλεγγύης.
Ο πρωταρχικός στόχος του Κέντρου είναι η έρευνα στα κρίσιμα Ζητήματα της Ευρωπαϊκής Ολοκλήρωσης που γίνεται με συγκεκριμένη δομή και χρονοδιάγραμμα με τη βοήθεια ομάδων ερευνητών από το Πανεπιστήμιο Μακεδονίας και άλλους φορείς στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Η έρευνα ενισχύεται με ερευνητικές επισκέψεις στο εξωτερικό καθώς και οργάνωση εκδηλώσεων, όπως συζητήσεις «στρογγυλής τραπέζης» (round tables) και συνέδρια. Οι κύριοι ερευνητικοί άξονες περιλαμβάνουν τις εξής θεματικές:
Α) Ευρωπαϊκή Ένωση στο Διεθνές Σύστημα: Ασφάλεια και Άμυνα, Β) Ευρωπαϊκή Οικονομική Διακυβέρνηση, Γ) Ανάπτυξη της ΕΕ, Δ) Συνταγματικές Αξίες, Δικαιώματα και Ιθαγένεια και Ε) Έρευνα, εκπαίδευση και πολιτικές νεολαίας.
Δεύτερος στόχος του Κέντρου Αριστείας είναι η διδασκαλία σε κρίσιμα ζητήματα της ΕΕ. Το Κέντρο διοργανώνει κάθε έτος ένα θερινό σχολείο «summer school» για τον Χώρο Ελευθερίας, Ασφάλειας και Δικαιοσύνης της ΕΕ καθώς και ηλεκτρονικά σεμινάρια εξ αποστάσεως για τη ρητορική μίσους και το έγκλημα μίσους. Επιπλέον, οι φοιτητές τόσο του Πανεπιστημίου Μακεδονίας όσο και Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης που σπουδάζουν σε συναφή αντικείμενα με τους σκοπούς του Κέντρου Αριστείας έχουν τη δυνατότητα πρακτικής άσκησης.
Τρίτος στόχος του Κέντρου Αριστείας είναι η λειτουργία Παρατηρητηρίου των Συνταγματικών Αξιών της ΕΕ, που ασχολείται κυρίως με δραστηριότητες καταγραφής και σχολιασμού νομοθεσίας και νομολογίας της ΕΕ (Observatory of EU Constitutional Values).
Το Κέντρο Αριστείας δημοσιεύει την έρευνά του σε τόμους πρακτικών συνεδρίων, επιστημονικά άρθρα, ερευνητικά projects και τετράδια εργασίας των ασκούμενων φοιτητών. Οι δημοσιεύσεις γίνονται στην ηλεκτρονική σελίδα του ή/και σε έντυπες εκδόσεις. Το Κέντρο Αριστείας δραστηριοποιείται, επίσης, και στα μέσα κοινωνικής δικτύωσης με συχνές ανακοινώσεις των εκδηλώσεών του.
Με όραμα να συνεχίσει το έργο της Έδρας Jean Monnet «Νέες Διαστάσεις στις Ευρωπαϊκές Νομικές Σπουδές» (από το 2012) και του πρώτου Κέντρου Αριστείας Jean Monnet Βόρειας Ελλάδας (2005-2008), το νέο Κέντρο στοχεύει να συνεχίσει τη μακρά παράδοση του Πανεπιστημίου Μακεδονίας και ιδίως του Τμήματος Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών, στη διεξαγωγή έρευνας και διδασκαλίας υψηλού επιπέδου.